آنچه که کوپرنيک انجام داد زمينه ساز بزرگترين انقلاب علمي فکري عليه نفوذ اعتقاد بر حريم علوم تجربي شد. احتمالاً خود کوپرنيک نيز از واکنش طرفداران فيزيک پس از کوپرنيک واکنش کليسا در برابر آراء کوپرنيک خشمگينانه بود. نقل است مارتين لوتر – پايهگذار مذهب پروتستان- به محض آگاه شدن از نظريه با آن به مخالفت برخاسته، گفته بود: «فقط احمقها نجوم را وارونه ميکنند. طبق نص کتاب مقدس، اين خورشيد بود نه زمين که يوشع فرمان داد بايستد.» به باور لوتر و همفکرانش، نظريه کوپرنيک نه فقط مخالف عبارات کتاب مقدس بود، بلکه جايگاه رفيع آدمي را – که به عنوان برترين آفريدگان بايد در مرکز جهان هستي قرار داشته باشد- از او ميگرفت. بر خلاف انتظار در کشورهاي پيرو کليساي کاتوليک رم تا مدتها هيچ کس به نظريه کوپرنيک اعتراض نکرد. بي ترديد اهداي کتاب به پاپ پل سوم و پشتيباني کاردينال پرنفوذي چون يوهان ويدمانشتات از آن در ساکت کردن هر نداي اعتراضي نقش داشت. با اين وجود در اواخر قرن شانزدهم اوضاع به تدريج رو به تغيير گذاشت؛ راهبي انقلابي به نام جوردانو برونو که ميخواست مسيحيت را با مذهب خورشيد پرستي مصريان باستان درآميزد، نظريه کوپرنيک را جالب توجه يافت و تصميم به حمايت از آن گرفت. با محکوم شدن برونو در دادگاه مذهبي، هر چه که او در نوشتههايش مطرح کرده بود نيز مشکوک و ضد دين تلقي شد و اين آغاز مخالفت گسترده کاتوليکها با نظريه کوپرنيک بود که تا زمان اثبات کامل آن در قرن هفدهم ادامه يافت